Изначально (генетически) в клетках иммунной системы заложено, что они могут убивать, убивать и свое, и чужое. Такими уж они рождаются. Но они идут в школу. В-лимфоциты обучаются тут же, где родились, в костном мозгу (репетиторство). Т-лимфоциты учатся и живут в школе-интернате, находящейся далеко от дома - в тимусе.

Нас больше всего интересуют Т-лимфоциты, именно они главные виновники аутоиммунных заболеваний.

В школе лимфоциты не предоставлены самим себе. Их холят и лелеют, а иногда и жестоко наказывают учителя. Роль учителей выполняют другие клетки (в тимусе - это тимоциты). Учителя должны привить Т-лимфоцитам терпимость к собственным клеткам и тканям организма, чтобы они не убивали их (точнее говоря, к ауто антигенам). Проще говоря, это делается так. В тимусе находятся антигены организма (тимус - это ведь один из органов организма, а, как мы знаем, все клетки организма несут на своей поверхности антигены этого организма, то есть аутоантигены). Те Т-лимфоциты, которые проявляют к ним нездоровый интерес (то есть склонность к убийству клеток собственного организма) уничтожаются. Ох, и много же клеток погибает в результате такого "обучения"! Оставшиеся в "живых" "выпускники школы" отправляются на работу, то есть "путешествуют" по организму в поисках чужеродных антигенов. В-клетки тоже могут принимать участие в мятеже, но они - люди подневольные, без сигнала со стороны Т-клеток не действуют. Им приходится быть терпеливыми поневоле, если нет предводителя - мятежника-Т-лимфоцита.

Так откуда же берутся мятежники?

Причина первая.
Т-лимфоциты, которые могут убивать клетки собственного организма, могут ускользнуть из тимуса "незамеченными" и начать свое грязное дело...

Причина вторая.
Патогенные микробы, которые попадают в наш организм, совсем не хотят быть уничтоженными. Они придумали так. Если организм не уничтожает свои собственные клетки потому, что на них есть аутоантигены, то нужно обзавестись такими же антигенами, и нас никто не будет трогать! Это называется антигенной мимикрией или подражанием. Но мимикрия получается неполной, Т-лимфоциты уничтожают микробов-подражателей, а потом уничтожают те клетки организма, на поверхности которых находятся антигены, которым подражали микроорганизмы. Перепутали немного...

Причина третья.
...........................

Это основные причины, которые мне сейчас пришли в голову.
По-правде говоря, причины возникновения аутоиммунных заболеваний еще недостаточно изучены. Необозримое поле для исследований... Узнаю еще что-нибудь интересное, напишу.