Проникая в кровяное русло, ВИЧ инфицирует активированные CD4+ Т-лимфоциты, а также моноциты, макрофаги и родственные клетки, экспрессирующие CD4-подобные молекулы. Инфицирование также возможно при фагоцитозе иммунных комплексов ВИЧ+Ат (антитело).

Основной резервуар ВИЧ - это лимфоидная ткань.

В ЦНС поражаются клетки микроглии.

Поражаются также клетки эпителия кишечника (в данном случае рецепторами для проникновения ВИЧ служат мембранные гликолипиды). Кишечная инфекция может вызвать хроническую диарею, типичрую для СПИДа.